Vodstvo
Územie Pienin a celého Zamaguria patrí do povodia rieky Dunajec, ktorá spolu s riekou Poprad odvodňuje Slovenské územie do Baltského mora. Povodie Dunajca na našom území he 256 km2 čo je 17,2% ckového povodia Dunajca, ktoré má výmeru 1 487 km2.
Rieka Dunajec je v dĺžke cca 17 km hraničnou riekou s Poľskou republikou. Na územie Slovenska vstupuje pri obci Lysá nad Dunajcom a územie opúšťa pri obci Lesnica. Dunajec a eho prielomová dolina je bezpochyby pre širokú turistickú verejnosť najnavštevovanejším miestom z celých Pienin, na ktorú sa viaže atracia európskeho významu - splav rieky Dunajec na pltiach.
Najužším miestom rieky je Jánošíkov skok široký cca 8 m ( v minulosti keď nebol regulovaný tok a bola vyšia hladina vody šírka najužšieho miesta bola 12m) a najvyšším prevýšením je masív Troch Korún (982 m.n.m.) od hladiny Dunajca v Červenom Kláštore, ktoré je 520 m. Rieka má perejovitý charakter v úseku dlhom približne 8,5 km, v ktorom vytvorila sedem ostrých zákrut, ktoré tvoria súčasť štyroch meandrov. V závere prielom Dunajca vyviera nazamrzajúci prameň nad pravým brehom Dunajca vedľa Pieninskej cesty pod názvom Storočný prameň.
Najvýznamnejšie prítoky Dunajca
Lesnícky potok
potok Lipník
potok Rieka
Osurňanský potok
Podzemná voda a minerálne pramene
Obeh podzemnej vody úzko súvisí s geologickými podmienkami. Tie spolu s veľkou zrážkovou činnosťou v území podmieňujú vznik pomerne veľkého poočtu prameňou, avšak ich výdatnosť je veľmi malá. Vo východnej časti obce Červený Kláštor sa nachádza sírovodíkový prameň, pri ktorom boli v minulosti liečebné kúpele so zameraním na reumatizmus, kožné ochorenia, ochorenia žalúdka a choroby látkovej výmeny, ktoré sa v súčasnoti obnovujú. Voda z tohoto prameňa má charakteristický zápach po síre. Pre tento výrazný zápach miestny obyvatelia ľudovo nazývajú tento prameň Smerdžonka. Prameň s touto liečivou vodou sa nachádza na území národného parku pri obci Veľký Lipník, ale aj v ochrannom pásme pred obci Veľká Lesná a pred Malou Frankovou.
V blízkosti hraníc sa nachádza významé kúpeľné mestečko Sczawnica. V tomto mestečku sa nachádzajú slané alkalické pramene s obsahom jódu a brómu. Okrem toho sa na území pienin v Poľsku nachádzajú známe minerálne pramene v obci Kroscienko.
